В центре сюжета увлекательной ленты «Джимми нейтрон: Мальчик-гений» - очаровательный карапуз Джимми, который несмотря на свой юный возраст отличается потрясающими способностями изобретателя. Главный герой даже сумел войти в контакт с иноземными пришельцами. Правда, никакой пользы это не принесло, ведь на деле они оказались злобными и коварными существами. В результате под угрозой оказался родной город Джимми – Ретровилль. Родители всех детишек были похищены инопланетными чужеземцами, и жизнь без строгих мам и пап вскоре стала просто невыносимой. Тогда герой мультипликационного фильма Джимми нейтрон: Мальчик-гений решает спасти всех родителей из лап инопланетных пришельцев. Он создает настоящую эскадру космических кораблей и вместе со своими друзьями отправляется в увлекательное космическое путешествие, чтобы освободить своих любимых родителей.