Действие мультипликационного фильма «Ультрамарины» разворачивается в 41 тысячелетии. Это мрачное и дикое будущее, когда Человек вынужден бороться за выживание в Галактике, которая расколота из-за кровопролитных войн и разрушений. Сейчас человечество находится на грани вымирания. Людей со всех сторон окружают мутанты, предатели и чужие. Отпор пришельцам могут дать немногие. Если высказаться точнее, то сделать это могут только Имперские Гвардейцы и Космические Десантники, которые были генетически усовершенствованы, став элитными воинами.
Однако и среди Космических Десантников особенно выделяется один орден. Это Ультрамарины, которые по праву считаются самыми могущественными, уважаемыми и бесстрашными воинами. Они чисты в своих помыслах и верны Императору, при этом Ультрамарины являются самыми дисциплинированными, строгими и мобильными из Космических Десантников.
История мультипликационного фильма начинается с того момента, как капитан Северус, воин-ветеран, почитаемый всеми, обладающий внушительной репутацией, получил сообщение с просьбой о помощи одной далекой планете под названием Митрон. Эта планета ничем не примечательна, но она важна потому, что на ней находится святыня, которая множество раз защищала Космических Десантников.