Сюжет мультипликационного фильма «Плачущий убийца» заключается в следующем. Китайской группировкой под звучным названием «108 Драконов» был похищен талантливый японский скульптор по имени Йо Хиномура. Похищены было совершено с целью сделать из скульптора наемного убийцу. И Йо стал им. Однако его сердце не ожесточилось, и он получил прозвище «Плачущий убийца», потому что всегда плакал над своими жертвами.
Йо Хиномура не просто наемный убийца. Он перепрограммирован в «Освободителя», т.е. убийцу особого плана, элитного и изощренного, который обладает безграничными, практически фантастическими возможностями. Йо способен ликвидировать не только обычный людей, но и главарей японской якудзы, которые являются основными противниками его повелителей.
Проблемы у Йо Хиномура начинаются в тот момент, когда красавица Эму становится случайным свидетелем одного из его преступлений. По всем законам он должен убить свидетельницу. Но он не смог этого сделать, потому что влюбился в нее, а она в него...