Шредер совместно со своими подчиненными решил воплотить в жизнь коварный план. Они хотят заполучить музейный экспонат – космический метеорит, который обладает магическими свойствами. Судьба всей планеты будет зависеть от того, кто будет владеть данным космическим телом. Но черепашки-ниндзя готовы помешать Шредеру.

Черепашкам пришлось оставить музейный экспонат у себя, чтобы уберечь его от злодеев. Однако Донателло решил испытать кристалл. Он вставил метеорит в специальную машину, которая неожиданно перенесла черепашек в доисторический мир, где живут древние существа. Но вместо того чтобы возвращаться назад, черепашки-ниндзя решили осмотреться. Когда еще будет возможность побывать в доисторическом мире? Герои мультфильма «Черепашки-ниндзя: Путешествие в прошлое» не подозревают, к чему может привести их любопытство.