«Шепот сердца» рассказывает нам историю юной девушки Сидзуку Цукисимая, у которой есть только один главный интерес в жизни – она очень любит читать. Перечитывая одну книгу за другой, она не слишком замечает того, что происходит вокруг нее. Каждый раз приходя в школьную библиотеку и взяв новую книгу, она замечает, что до нее ее брал парень под именем Сэйдзи Амасава. Знакомство с ним переворачивает всю прежнюю жизнь девушки и заставляет задуматься о смысле ее жизни, о «шепоте сердца».