Мультфильм «Поцелуй сестер» рассказывает о двух сестрах-близняшках и их сводном брате. Сестры, которых зовут Рико и Ако, очень любят своего младшего братишку по имени Кейт. Оказывается, что девочки любят своего шестнадцатилетнего братика не совсем как сестры. Может, это связано с возрастными изменениями, которые происходят со всеми подростками, а может, потому что родители сами подталкивают Кейта к тому, чтобы он внимательнее присмотрелся к сестрам. Они предлагают ему подумать и сделать выбор, какая из сестер ему больше нравится.
Юноше долгое время удавалось уходить от ответа на такой щекотливый вопрос, однако пришло время переходить в старшую школу. Родители остановили свой выбор на школе Гакуся, той, в которой уже учатся его сестры. Кейт был вынужден взяться за подготовку к поступлению. И, разумеется, он поступил.
И если сначала юноша испытывал к сестрам только братские чувства, то постепенно, после того, как он перешел в ту же школу, где учатся и они, и Кейт начинает испытывать чувства к сестрам.