2029 год. Япония будущего.
Мир стал настоящей киберпанк-антиутопией. Безграничные возможности Сети, техники и медицины позволяют создавать не только киборгов, чье тело полностью заменено на компьютер, людей-зомби, чье сознание полностью контролируется другими, полуразумные механические агрегаты с сознанием маленького ребенка, но и полностью разумные бестелесные компьютерные программы-вирусы, использующиеся спецслужбами для проникновения в чужие секреты.
Один из таких разумных вирусов, "Проект 2501", вдруг осознал себя, став первой в истории подлинно разумной компьютерной программой. И решил начать играть в собственную игру, по собственным правилам, управляя в своих целях множеством зомби. Его новым именем стало слово "Кукловод".
Разбираться во всем этом поручили группе агентов спецслужбы под руководством Кусанаги Мотоко, и поимка Кукловода стала для нее не только профессиональной обязанностью, но и вопросом глубоко личным. Ведь она сама киборг, и теперь перед ней стоит вопрос: "Кто разумнее - сознание человека в теле машины или компьютерная программа в человеческом теле? И что вообще такое "разум"?