Чтобы разгадать тайну, утерянную много веков назад, Скуби-Ду и меч самурая, а так же их секретное братство вынуждены скитаться по всему миру. Их основная цель - Меч Судьбы, обладающий огромной сверхъестественной силой. Однако, между командой Скуби Ду и Мечем Судьбы встает из главный соперник - могучий Черный Самурай со своей Армией приведений. Во время своих путешествий по Европе и Азии, Скуби-Ду и меч самурая знакомятся с Мастером Мечей. Благодаря его учению Бошидо - пути самурая, сила и способности главных героев стремительно растут. Это очень помогает в схватке с Нинзей Роботов. С пришедшим опытом Скуби-Ду и меч самурая осознают, что истинное Бошидо - это преданность, доброта, отвага и мужество. Без таких представлений о жизни никогда не найти ключ к настоящей тайне.
Секреты тысячелетий так и манят к себе Суби-Ду и меч самурая. Чтобы разгадать эти тайны и найти клад - Меч Судьбы, друзьям Скуби-Ду доводится побывать во всех уголках планеты. Меч Судьбы обладает колоссальной магической силой, поэтому нужен очень многим. Чтобы заполучить его, Скуби-Ду и мечу самураем придется противостоять воинству приведений во главе с могущественным Черным Самураем. На помощь нашим героям приходит Мастер Мечей. Он учит Скуби-Ду и меч самурая Бошидо. Без этого боевого и духовного искусства не победить Нинзя-Роботов.